Charles Xavier è ancora uno scienziato dedito allo studio delle anomalie alla base dei mutanti. Eric Lehnsherr è ancora un solitario in cerca di vendetta e di un controllo sui propri poteri. La minaccia di un altro mutante, Sebastian Shaw, li costringerà a collaborare…

Quando capisce che i suoi commilitoni, compreso suo fratello, non si fanno scrupolo a uccidere degli innocenti, Logan fugge in Canada. Quando il fratello gli uccide la fidanzata, accetta di sottoporsi ad un esperimento che lo trasforma nell’Arma X: Wolverine.

Un laboratorio scientifico perfeziona una “cura” in grado di riportare i mutanti a semplici esseri umani. Molti mutanti sono contenti di sottoporsi al trattamento, ma il professor Charles Xavier ritiene sia preferibile insegnare loro a controllare i propri poteri invece che cancellarglieli…

Gli X-Men sono alla caccia di un mutante assassino che vuole attentare alla vita del Presidente, degli Stati Uniti proprio mentre la loro Accademia viene attaccata. L’attacco origina una protesta pubblica nei loro confronti, e i politici cercano un modo per controllarli…

Il Governo è preoccupato per l’aumento di mutanti negli Stati Uniti, esseri umani il cui DNA si è evoluto donando loro straordinari poteri. Uno di questi superumani, soprannominato Magneto, vuole scatenare una guerra tra umani e mutanti, ma il professor Xavier tenta di impedirglielo…